Hay actually dos cajas en el zettelkasten original de Luhmann: la bibliográfica, que lleva todas las citas de material que ha leído, y la principal en la que genera ideas y conexiones nuevas. Su proceso al leer consistía en crear notas en fichas donde iba de un lado la información bibliográfica, y del otro anotaciones breves sobre el contenido de lo que acaba de leer. Normalmente super breves, como para necesitar una ficha por idea o concepto, dos cuando mucho. El paso siguiente, poco después, era tomarse el tiempo de revisar esas notas breves y ver cómo se relacionan con su conocimiento existente. Para luego ir a la segunda caja y anotar ahí sus comentarios, opiniones e ideas en fichas separadas. Escribía en un lado de las fichas para verlas rápidamente sin sacarlas de la caja. Escribía con intención, pensando en otras notas existentes de su caja, y se tomaba el tiempo de ser a la vez breve y de escribir frases completas con referencias explícitas al material usado Era muy común que sus notas tuvieran referencias unas con otras, algunas cercanas y otras inverosímiles.